A nivel mecánico, el nuevo Yaris Cross se beneficia de una motorización híbrida eléctrica, con una unidad de tecnología Toyota Electric Hybrid de cuarta generación, con un motor 1.5 litros de ciclo Atkinson y un motor eléctrico que le hacen sumar 116 CV. Con ello, su consumo medio se ubica entre 4,6-5,0 l/100 km y unas emisiones de CO2 de entre 103-112 g/km.